如果因为特殊情况无法参加科三考试，可以根据当地车管所的规定申请退考或者缓考。至于是否需要再次参加模拟考试，建议咨询当地培训机构或者车管所的相关人员。
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在回答这个问题之前，需要先理解一下什么是科三考试和模拟考试。科目三考试是指机动车驾驶员考试中的道路驾驶技能考试，主要考察学员的实际驾驶能力。而模拟考试则是在考试前进行的一种练习，旨在帮助学员了解考试内容和流程，并提高其考试水平。
根据题目描述，学员已经交了科三的考试费用并参加了模拟考试，但由于特殊情况未能参加正式考试。那么，接下来该如何处理呢？
首先，需要澄清一下所谓的“特殊情况”是指什么。如果是因为身体或其他不可抗力因素导致无法参加考试，那么可以向考试机构提供相关证明材料，并申请改期或退费。具体操作方法可以咨询当地交通管理部门或考试机构。
如果是因为个人原因导致未能参加考试，例如忘记考试时间/地点、迟到等原因，那么就需要承担自己的责任。在此情况下，建议学员重新报名参加科三考试，并再次参加模拟考试以提高自己的考试水平。
至于是否需要重新参加模拟考试，这取决于学员的具体情况。如果之前参加的模拟考试表现良好，已经掌握了科目三考试的相关技能和流程，那么就可以考虑跳过模拟考试直接参加正式考试。但如果之前的模拟考试表现一般或较差，建议再次参加模拟考试以提高自己的水平。
总之，无论是参加科目三考试还是模拟考试，都需要认真备考和遵守考试规定。如果有特殊情况导致无法参加考试，需要及时与考试机构联系并妥善处理。